FOX HOUNDの蜂起
2005年、アラスカ・フォックス諸島沖の孤島シャドーモセス島。核廃棄施設を備えたこの島ではアメリカ陸軍の特殊部隊 FOX HOUNDと彼らが率いる次世代特殊部隊による大規模な軍事演習が予定されていた。しかし、彼らは突如として蜂起し、島を占拠。ホワイトハウスに対してビッグボスの遺体の引き渡しと5000万ドルを要求。24時間以内に要求が受け入れられない場合は核を発射すると告げてきた。
主人公ソリッド・スネークはこのテロを止めるべく、特殊任務のため呼び寄せられていた。彼に任務を伝えるのはロイ・キャンベル。
キャンベルはスネークの元上司で、彼ら二人は元々FOX HOUNDに所属していた。
FOX HOUNDの要求
FOX HOUNDはアメリカ陸軍により設立されたハイテク特殊部隊。彼らに率いられる次世代特殊部隊は遺伝子治療により、戦闘能力が強化された兵士部隊だった。今回の蜂起に参画したFOX HOUNDのメンバーは6名。
- サイキック能力者 サイコ・マンティス
- 天才女狙撃手 スナイパー・ウルフ
- 変装の達人 デコイ・オクトパス
- 拳銃の名手で拷問のスペシャリスト リボルバー・オセロット
- 巨漢のシャーマン バルカン・レイブン
- FOX HOUND実戦部隊リーダー リキッド・スネーク
リキッド・スネークは本名も含めて全てが極秘扱いとされ、キャンベルでさえもその情報にアクセスできなかった。リキッドは肌の色を除いて、ソリッド・スネークと瓜二つの顔をしていた。
リキッドは10代で湾岸戦争に参加。スカッドミサイルの移動発射台を破壊する特殊任務を務めた。
SIS（イギリス情報局）のスリーパーとして中東に潜伏していた際にイラクの捕虜となり、その後、消息不明となる。ソリッド・スネークの除隊後に救助され、FOX HOUNDに入隊していた。
彼らが遺体の引き渡しを要求したビッグボスは20世紀最強の兵士と呼ばれた人物だった。彼の遺体からは戦闘に適した様々な遺伝子（ソルジャー遺伝子）が発見されており、今なお遺体のゲノム解析が進められていた。
発見されたソルジャー遺伝子は遺伝子ターゲッティングにより次世代特殊部隊にも組み込まれている。
ビッグボスの遺体はいかなる破壊兵器よりも戦略的に重要な意味を持ち、遺体を手に入れれば未だ解析されていないソルジャー遺伝子を独占することができる。
スネークに与えらえた任務
スネークには非公式の二つの極秘任務が与えられる。
- シャドーモセス島でFOX HOUNDに捉われているDARPA局長ドナルド・アンダーソンとアームズテック社・社長ケネス・ベイカーの救出。
- テロリストの核発射能力の有無を確認し、事実であればこれを無力化する。
作戦は合衆国大統領が責任者を務め、国防省が全権を握って進めている。
スネークに任務が伝えられた時点でFOX HOUNDからの要求期限である24時間に対して5時間が経過していた。
元FOX HOUND司令官ロイ・キャンベル以外に、スネークの後方支援にあたるのは各分野のスペシャリスト4名。核兵器の専門家ナスターシャ・ロマネンコ、医学博士のDr.ナオミ・ハンター、オペレーターのメイ・リン、さらにはマクドネル・ミラーがスネークのサポートとして配置される。
また、キャンベルの姪のメリル・シルバーバーグがシャドーモセス島での任務中にこの蜂起が発生し、人質として捉えられていた。メリルの救出をスネークに託す事、それはすでに退役していたキャンベルがこの作戦への参加を決めた理由の一つでもあった。
この作戦は極秘任務のため、スネークには公式な支援はなく、武器も装備も現地調達を命じられる。
テロリストの要求期限まであと19時間。スネーク単独でのスニーキングミッションが始まる。
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